洪水時に潮位の影響が出ているかどうかを見るためには，流量・水位・潮位の関係を分析するのが最良の方法です．しかし，流量観測の回数が少ないため，別の方法による裏付けが必要となってきます．水位と潮位の観測は年中無休で最低でも1時間ごとに行なわれていますから，データの量は比較的豊富です．雨量データも同様です．そこで，雨量と水位の関係を分析して，水位変化の原因を雨量変化と潮位変化に分離するという方法で，潮位の影響がどこまで現れるかを調べることが可能となります．
雨量と水位の直接の関係式を求めることはできないので，両者をつなぐために水位から流量を求める計算が必要になります．計算式は流量と水位の実測データから統計的な処理で求めます（このホームページではいろいろな試みの結果，近似的に3次式を当てはめています）．建設省では非洪水時にも干潮時に流量・水位同時観測をやっていますから，これと洪水時のデータをあわせて利用します．毎年河道の状態が変化しているので，流量と水位の関係も年ごとに求めます．式が決まれば，水位データから流量が計算されます．
流量との関係を調べるためには流域全体の雨量を求める必要があります．長崎自然史仮想博物館では流域付近の数地点の雨量データをティーセン法（流域の平均雨量の計算法を参照）を用いて平均しています．
算出された流量および流域の平均雨量の数値をもとに関係式を決定します．長崎自然史仮想博物館では貯留関数法（流量の計算法を参照）というモデルを使っています．
関係式が定まったら，これを使って雨量から流量を求め，さらに流量・水位の関係式を使って水位に換算します．ここで求められた水位の変化は純粋に雨量変化によるものです（雨量から理論的に求めたので当然です）．
こうして，雨量から導かれた理論的水位と実測値の水位をグラフ上で比較します．雨量変化による水位変化ならば，理論値の変化パターンと実測値の変化パターンが一致します．潮位変化による水位変化は，実測値にだけ出現し，理論値には出現しません．グラフに潮位変化の曲線を付け加えるとさらにわかりやすくなります．こうして水位の変化の原因を雨量変化と潮位変化に分離できるわけです．
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